公元311年，晋怀帝与司马越的矛盾爆发，密诏苟晞伐之，随后司马越病逝，王衍率军归葬封国。当他东行至苦县（今河南鹿邑县）时，遭石勒袭击，晋军精锐受屠尽亡，重臣降后被杀。此时洛阳空虚，被刘聪、王弥兵攻破，杀害官员百姓三万馀人，掳走晋怀帝，史称“永嘉之祸”。
公元313年，晋怀帝被杀，晋愍帝于长安继立帝位，刘聪派刘曜持续攻打。
公元316年，晋愍帝投降，最后受辱被杀，至此西晋亡 。而后，各族陆续在北方建立国家，史称“五胡十六国”。
在中国北方进入五胡十六国历史巨变的同时，由于晋朝王子司马睿带领晋朝宗族、贵族、士族、臣民和民众，“衣冠南渡”逃到江南及中国南方各地，因此延续了晋朝的统治，司马睿建立的晋朝史称东晋，原来的晋朝称西晋。
东晋在三国时代吴国的地盘上建立国家，形势并不乐观，因为吴国被晋朝所灭，虽然这场生灵涂炭的灾难已经过去63年（公元280年至317年），但是江南民间对这场灾难状况仍然记忆犹新，中国南方人民对晋朝的仇恨仍然没有消除。幸运的是在六十三年时间里，晋朝培养了一批像陶侃（江西九江士族首领，东晋文学家陶渊明的爷爷）本地士族首领和地方官吏世家。加上西晋灭亡后，从北方度过长江入住江南和中国的晋朝的宗族、贵族、士族、臣民和民众大概有200多万人，这些都为东晋在中国南方的统治奠定比较稳固的基础，使东晋社会能够保持比较稳定社会环境，为中华文化的传承和发展奠定了坚实基础。
东晋为了对本地土著人民与北方移民区别对待，给予北方移民更多的税赋减免优惠，以及购买土地、为官、当兵和经商等方面优先权和便利条件，因此东晋朝廷将北方移民专门注册称“客户”，客ke在古老东南亚南岛语中是去、离开、从某地到某地的意思，在汉语中“客ke”为名词时是外乡人的意思，“客ke”为动词时是去、离开的意思，目前西南官话仍然将“去”读成“客ke”，晋朝人肯定也是这样读“客ke”，这说明晋朝时，北方汉人仍然保留着人类迁徙前东南亚古老民族的文化及习俗，因此晋朝人仍然可以跟当时的中国南方人进行语言和文化方面的交流。
衣冠南渡是南方客家人群体形成的基础，经过一千多年的民族大融合后，今天的客家人已经成为南方土著，客家语吸收了很多古越语词汇如客家人称妇女、母亲为ya，目前仍然继承古越文化的中国壮族、布依族等，以及东南亚很多民族也这样称呼妇女和母亲，而当今的客家人风俗已经基本南方化。这说明，不管历史过程多么苦难和曲折，中国人都能走向和解、融合，成为一个和谐的大家庭。
与东晋社会相比，中国北方的十六国风云变幻可谓目不暇接、血肉横飞、惨不忍睹，西晋灭亡的祸根是胡人内迁中原，十六国历史起因是内迁中原匈奴首领刘渊率领匈奴部族起兵反抗晋朝暴政，从而激起匈奴、羯、鲜卑、氐、羌、卢水胡、乌桓、巴氐及高句丽等居住在中国北方、东北和西北少数民族的响应和支持，同时中国本土的军阀士族也借机加入反晋战争和割据，由此导致西晋王朝快速灭亡，少数民族及中国本土士族首领纷纷割据称帝建国，展开中原大混战，军阀们都想平定天下，统一中国。
在这个阶段中国西北、西域和中亚等地区先后由前凉（汉族士族军阀）、前秦（氐族军阀）、后凉（羌族军阀）等军队控制，但是这些地方的统治方式非常松散，当地大多数地方由匈奴、丁零等中国北方少数民族建立部落政权统治，因此，中原外派军政机构很难统治这些地区，中原朝廷的军队只驻守城镇及关口，负责收取通城通关费用，军队下辖的官府只能收取军镇周边人民的税赋，因此驻边军政机构往往入不衍出，依靠中国朝廷给予军饷和物资。
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